Kandidátske génové markery spojené s fekálnym vylučovaním mačacieho enterického koronavírusu (FECV)

Kompletný pôvodný článok na portáli amerického národného centra pre biotechnologické informácie; 17.11.2020

Abstrakt

Mačací koronavírus (FCoV) môže spôsobiť smrteľné ochorenie – mačaciu infekčnú peritonitídu. Mačky trvale vylučujúce tento vírus sú najvýznamými zdrojmi infekcie. Úloha hostiteľa pri fekálnom vylučovaní FCoV nie je známa. Cieľom tejto štúdie bolo určiť génové markery a otestovať ich súvislosť so vzorcami vylučovania FCoV. Vzorky trusu boli odobrané od 57 mačiek 12 plemien na začiatku a potom po 2, 4 a 12 mesiacoch. Pozorovali sa variácie od trvalého a/alebo vysoko intenzívneho vylučovania až k žiadnemu vylučovaniu. Ako funkční a poziční/funkční kandidáti bolo vybraných trinásť génov súvisiacich s imunitou.. Poziční kandidáti boli vybraní v kandidátskej oblasti detegovanej analýzou GWAS. Desiatky až stovky jednonukleotidových polymorfizmov (SNP) na gén sa identifikovali pomocou sekvenovania ďalšej generácie. Asociácie s rôznymi fenotypmi sa hodnotili chí-kvadrát testami a presnými Fisherovými testami. SNP jedného funkčného a jedného pozičného kandidáta (NCR1 a SLX4IP ) a haplotypy štyroch génov ( SNX5 , NCR2 , SLX4IP , NCR1 ) boli spojené s vylučovaním FCoV pri cor<0,01. Vysoko významné asociácie sa pozorovali pri extrémnych fenotypoch (perzistentní/vysoko intenzívni vylučovači a nevylučovači), čo naznačuje, že existujú dva hlavné fenotypy spojené s rôznymi genotypmi – vysoko náchylné mačky, ktoré trvale vylučujú vysoké množstvo vírusových častíc, a naopak mačky rezistentné, ktoré koronavírus nevylučujú.

Kľúčové slová: mačací enterický koronavírus, vzorce vylučovania stolice, polymerázová reťazová reakcia, genetická citlivosť, kandidátske gény súvisiace s imunitou, asociačná štúdia

Pridaj komentár

Vaša e-mailová adresa nebude zverejnená. Vyžadované polia sú označené *